Struktur organisasi Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pemasyarakatan Kepulauan Bangka Belitung dipimpin oleh Kepala Kantor Wilayah yang bertanggung jawab atas pelaksanaan seluruh tugas dan fungsi pemasyarakatan di wilayahnya. Dalam menjalankan tugasnya, Kepala Kantor Wilayah membawahi tiga bagian/bidang, yaitu Bagian Tata Usaha dan Umum yang berperan dalam pengelolaan administrasi, kepegawaian, dan keuangan; Bidang Pelayanan dan Pembinaan yang bertugas dalam pelaksanaan pembinaan narapidana serta pelayanan pemasyarakatan; dan Bidang Pembimbing Kemasyarakatan yang berfokus pada pembimbingan, pengawasan, serta reintegrasi sosial bagi klien pemasyarakatan.